Durante la Guerra, la familia Franco se estableció en el Palacio, lugar desde el que dirigía la contienda, pero tras su finalización, en 1939, regresó a Madrid, junto a su familia.
El Palacio fue adquirido por el Ayuntamiento y la Diputación de Burgos a doña María Francisca Muguiro y Cerragería, sin embargo, se estableció que serviría de residencia al Jefe del Estado en sus estancias en Burgos. Éstas se produjeron todos los años durante la época estival hasta 1961.
