Tras la muerte de Franco en 1975, Juan Carlos I fue proclamado Rey en un contexto político de gran incertidumbre e inició un programa, conocido como “Reforma”, que tuvo por objetivo la transición desde un sistema franquista hacia un sistema democrático. El 30 de junio de 1978, el Palacio de la Isla se convirtió en la sede provisional del consejo General de Castilla y León.
El 17 de agosto de 1990, la Comisaría de Policía de Burgos sufrió un atentado terrorista perpetrado por ETA, y resultó devastada. A partir del 19 de agosto, el Palacio de la Isla fue elegido como el nuevo emplazamiento de la Comisaría de Policía.
Posteriormente, en 1993, se ubicó en el Palacio, el Servicio de recuperación de Archivos y, en 1996, el Grupo Espeleológico Edelweiss. En 2005, se adaptó del Palacio de la Isla como sede del Instituto Castellano y Leonés de la Lengua.
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